Sur le bassin versant de la Boutonne, peu d’actions sont mises en place pour la restauration des zones humides. En revanche, d’importantes surfaces sont protégées pour préserver les habitats et les espèces remarquables du bassin versant. Une zone est protégée au titre des sites classés Natura2000, il s’agit de « Vallée de la Boutonne », sur l’amont du bassin, localisée en fond de vallée et caractérisé par des rivières de plaine à eaux courantes avec un maillage bocager. Un second site est plus spécifique aux marais : « Estuaire et basse vallée de la Charente ».

Les zones humides sont une zone d’interface entre le milieu terrestre et le milieu aquatique. Elles jouent un rôle fondamental pour l’équilibre et le bon fonctionnement des écosystèmes.
Depuis plusieurs années, on observe un renforcement des mesures de protection et de gestion pour limiter leur disparition.
Voici le détail des fonctionnalités et services rendus par les zones humides :

• Fonction hydrologique : elles peuvent stocker l’eau en surface et dans le sol puis la restituer progressivement. Elles régulent naturellement les flux lors des inondations ou sécheresses.
• Fonction écologique : Elles offrent des conditions de vie particulières. Biologiquement riches, elles participent au maintien de corridors écologiques indispensables à la survie de nombreuses espèces.
• Fonction épuratrice : Elles jouent un rôle d’épuration en filtrant et transformant certains polluants issus des activités humaines du bassin versant (agriculture, assainissement, voiries…). Elles piègent les matières en suspension.
• Fonction climatique : Elles contribuent à la production d’oxygène, au stockage du carbone et à l’instauration d’un micro climat local.
• Fonction économique : ce sont des milieux riches et productifs, elles sont le support de diverses activités économiques : élevage, sylviculture, ostréicultur
• Fonction récréative : Elles forment des paysages singuliers avec des espaces de tourisme et de loisirs (chasse, pêche, randonnée…)